Seasar2とかTeedaとか使って開発する場合、簡単なものだとDoltengでH2Databaseを使ったりすると思いますが、
先日ちょっとハマったのでメモがてら。
事象としてはH2が起動しているにもかかわらず、Webアプリから接続できないというもの。
・ポートはLISTENしている。
・WEBのコンソールにも接続できる。
・DBの中身（テーブル等）もある。
・DbLauncherのbaseDirの設定もあっている。
いろいろ探しまわっても情報がなく。（よく出てくるのはポート間違いとか、サーバーが起動していないとか）
原因は起動構成でした。
別のアプリの起動構成と比べてようやくわかりました。
何が原因で起動構成が壊れたのかはわかりませんが、同様の事象でお悩みの方がいれば確認してみてください。